凝膠滲透色譜柱適用于有機溶劑體系半微量的高性能的SEC分析柱。由粒徑均一，但每個填料上分布大小不同的孔，即由細孔多分散型均一粒徑的填料裝填而成。從而實現了校正曲線的優異的線形相關關系。使用細孔多分散型分析柱獲得的校正曲線沒有變曲點。因而色譜圖中的測定峰形不會出現不規則的凹凸現象可提供適用于分子量分布范圍不同的三種規格分析柱。
凝膠滲透色譜柱的分離原理：
分離機理比較復雜，目前有體積排除理論、擴散理論和構象熵理論等幾種解釋，其中有影響力的是體積排除理論。
固定相是表面和內部有著各種各樣、大小不同的孔洞和通道的微球，可由交聯度很高的聚苯乙烯、聚丙烯酰胺、葡萄糖和瓊脂糖的凝膠以及多孔硅膠、多孔玻璃等來制備。當被分析的聚合物試樣隨著溶劑引入柱子后，由于濃度的差別，所用溶質分子都力圖向填料內部孔洞滲透。
較小的分子除了能進入較大的孔外，還能進入較小的孔；較大的分子就只能進入較大的孔；而比較大的孔還要大的分子就只能停留在填料顆粒之間的空隙中。隨著溶劑洗提過程的進行，經過多次滲透-擴散平衡，較大的聚合物分子從載體的粒間首先流出，依次流出的是尺寸較小的分子，較小的分子被洗提出來，從而達到依高分子體積進行分離的目的，得出高分子尺寸大小隨保留時間變化的曲線，即分子量分布的色譜圖。
高分子在溶液中的體積決定于相對分子量、高分子鏈的柔順性、支化、溶劑和溫度，當高分子鏈的結構、溶劑和溫度確定后，高分子的體積主要依賴于相對分子量。基于上述理論，每根凝膠滲透色譜柱都是有極限的，即：排阻極限和滲透極限。
排阻極限是指不能進入凝膠顆粒孔穴內部的較小分子的分子量，所有大于排阻極限的分子都不能進入凝膠顆粒內部，直接從凝膠顆粒外流出，不但達不到分離的目的還有堵塞凝膠孔的可能；滲透極限是指能夠*進入凝膠顆粒孔穴內部的較大分子的分子量，如果兩種分子都能全部進入凝膠顆粒孔穴內部，即使它們的大小有差別，也不會有好的分離效果。所以，在使用GPC/SEC測定相對分子量時，必須首先選擇好與聚合物相對分子量范圍相配的色譜柱。對一般色譜分辨率和分離效率的評定指標，在凝膠滲透色譜中也被沿用。
