離子交換層析填料由基架和配基組成，填料的性質主要由配基決定。
確定離子交換方式：
樣品一般在中性pH值的環境中保持較好的活性，在進行離子交換層析時，所用buffer的pH值需偏離樣品等電點1個pH值以上。在交換方式的確定環節，常規選擇目標物質結合到離子交換層析填料上，而雜質流穿的模式，洗脫時收集目標物。但也可以選擇目標物質為不結合填料的流穿模式，使雜質結合到填料上，同樣可以達到目標物質與雜質分離的目的。
所用bufferpH值高于樣品等電點時，樣品帶負電，一般用陰離子交換的方式進行物質的分離；所用buffer的pH值低于樣品的等電點時，樣品帶正電，一般用陽離子交換的方式進行物質的分離。
選好離子交換層析填料后，在實際的使用中還需要注意以下幾個方面：
上樣前需將樣品置換到平衡緩沖液中，在樣品體積相對柱體積來說較大時，這一點尤其重要；
柱子載量和要達到的分辨率決定上樣量。如果想達到較好的分辨率，建議上樣量為柱子載量的30%；
實際載量受樣品大小和形狀的影響，同時填料孔徑，流速，樣品濃度，pH/蛋白帶電性、離子強度等均會影響載量；
添加合適的去垢劑：添加離子型去垢劑時，應避免加入的去垢劑與填料配基結合而影響填料的結合載量。
